В 1884 г. принимается «Положение о губернских исторических архивах и ученых архивных комиссиях» от 13 апреля 1884 г. Согласно этому документу, в губерниях могли создаваться исторические архивы для хранения документов, обладающих исторической
ценностью и требующихся для текущего делопроизводства. Для собирания и приведения этих документов в порядок создавались в свою очередь ученые архивные комиссии.
В Пензе создание архивной комиссии было связано со служащими губернского статистического комитета Владимира Павловича Попова (между прочим члена Парижской Академии наук) и преподавателя духовной семинарии Владимира Харлампиевича Хохрякова. Оба были большими любителями местных древностей. Хохрякова хорошо знали за пределами губернии краеведы Тамбова и Саратова, Попов был коллекционеров всевозможных предметов старины. В 1899 году они сумели убедить губернатора Адлеберга дать добро на создание в губернии ученой архивной комиссии.
Два года заняла переписка с Петербургским Археологическим институтом. В столице идею поддержали, но денег не дали, посетовав «что беднее архивных комиссий в стране учреждений нет». Пришлось думать о финансах самим.
Как компромиссный вариант было решено переложить заботу о существовании комиссии на городские и земские правления, а также городские управы. Причем сумма устанавливалась не меньше 25 рублей в год. Пензенская городская дума выделила 100 рублей. Кроме того, предполагалось собирать членские взносы по 5 рублей с человека.
Удалось решить и вопрос со зданием. Им стало построенное в 1867-1868 годах здание упраздненной в 1893 году гауптвахты (сейчас это здание военкомата по адресу ул. Белинского д.4). За год с небольшим строителям удалось провести ремонт пришедшего в негодность здания, в результате чего пензенская ученая архивная комиссия получит по отзыву одного из современников «одно из лучших в России здание для подобных целей». Если небольшое здание с шестью комнатами было лучшим, то что же было в худших?
Наконец, после решения всех юридических проволочек 9 сентября 1901 года в 20:00 в Губернаторском доме комиссия была официально открыта. На заседании, на котором присутствовал губернатор Адлерберг А. В. председателем комиссии был единогласно выбран В. Х. Хохряков, а правителем дел В. П. Попов. Всего на заседании присутствовало 26 человек. Присутствующие попросили губернатора разрешить разместить его портрет в здании комиссии.
Архивная комиссия следила за ведением текущего делопроизводства в губернии. Каждый год архивариусы губернских правлений и подведомственных им учреждений направляли в комиссию описи дел, находящихся на хранении более 10 лет. После чего в течение 6 месяцев комиссия должна была принять решение об уничтожении или передаче дел в архив губернского правления. Интересно, что, если в течение 6 месяцев ответа от комиссии не приходило, документы в организации можно было самостоятельно уничтожить. Сама комиссия самостоятельно не могла принять решение о передаче дел на вечное хранение в архив губернского правления, на это требовалось согласие правления. Для осмотра дел на месте требовалось согласие непосредственно губернатора.
Деятельность комиссии изначально не ограничивалась только архивами. Помимо изысканий старинных документов по истории края в губернских, городских и уездных учреждениях комиссия также располагала собственным музеем, к котором были выставлены не только документы, но и предметы быта ушедших эпох. Кроме того, комиссия также занималась исследованием памятников и археологическими раскопками на территории губернии.  Входила в структуру комиссии и собственная библиотека.
Комиссия занималась собиранием и сохранением древних документов по истории Пензенского края. Уже к 1904 комиссией было принято на хранение, а также частично куплено 926 дел. Среди них было много важных документов по истории Пензенского края, - например, относящиеся к закрытию губернии в 1797 году и ее восстановлению в 1801 году, пожертвования на строительство Спасского кафедрального собора, пензенским ополчениям 1812 и 1855гг, бунту ратников 1812-1813гг. Кроме того, к этому времени в архиве ПУАК хранилось 190 древних актов XVII века (столбцов, манифестов и рукописей) а также около 30 снятых с них копий. Эти документы после 1918 будут войдут в состав фондов губернского (позднее областного) архива.
Далеко за пределами губернии был известен музей архивной комиссии. Основу музея составили предметы, которые В. П. Попов начал собирать еще в период работы в губстаткомитете. К ним добавились подарки других членов комиссии, часть экспонатов были приобретены у граждан и антикваров. Археологические и палеонтологические находки, обнаруженные в губернии, нередко присылали уездные полицейские исправники.
В отчете о деятельности комиссии, направленном 6 октября 1902 г. в Департамент общих дел МВД, сообщалось, что музей насчитывает 1460 предметов. Среди них были орудия каменного, бронзового и железного веков, в том числе 13 старинных топориков. Окаменелых остатков мамонта и других ископаемых животных насчитывалось не менее сотни. Не менее интересной была и коллекция старинных монет, включавшая себя монеты древнего Рима, Золотой орды, Московского царства. Украшением всего музея была старинная пушка, оборонявшая город Керенск от Пугачева, а также сабля, пожалованная полковнику Лофицкому за участие в войне 1812 года.
За десять лет существования музея экспонатов в музее комиссии стало так много, что в 1911 году было принято решение часть экспонатов церковного характера и фотографии передать в церковно-исторический музей, а естественно- исторического характера в музей Пензенского общества любителей естествознания. 25 ноября 1917 года состоялось еще одна передача музейных предметов ПОЛЕ.  В 1918 году в соответствии с журнальным постановлением архивной комиссии от 21 марта 1918 года музей был передан Пензенскому народному университету. Часть экспонатов позднее окажется в фондах Краеведческого музея.
Именно благодаря сотрудникам архивной комиссии до нас дошли списки воинских частей, расквартированных в Пензе и в 1914-1915 гг. отправленных на фронт, списки лазаретов, открытых в Пензе с начала войны, списки благотворительных обществ в Пензе и уездах.
Пензенская архивная комиссия просуществовала до 1918 года. Деятельность комиссии в условиях Революции и Гражданской войны оказалась фактически парализованной. В марте 1918 года совет Пензенского народного университета и Коллегия народного просвещения ходатайствовали перед ПУАК о передаче ее библиотеки и музея Пензенскому народному университету, мотивируя необходимость этого опасностью передачи фондов комиссии в руки некомпетентных лиц. Согласно журнальному постановлению ПУАК от 21 марта 1918 года — это ходатайство было удовлетворено. Правда, в распоряжении комиссии осталось здание и неразобранные архивные материалы. 1 июля 1918 года в соответствии с новым декретом об архивах Пензенская ученая архивная комиссия была ликвидирована. Начинался новый период архивного дела в нашей стране.
Государство наконец признало необходимость, и даже обязательность существования архивов в системе органов власти. В губерниях создание специализированных архивов и ведомств ими управляющих стало обязательным. Функционирующие практически на общественных началах архивные комиссии, чье существование полностью зависело от доброй воли местных начальников ушли в прошлое.
Тем не менее, вклад Пензенской ученой архивной комиссии в развитие пензенского краеведения, музейного и архивного дела очень значителен. Благодаря комиссии удалось сохранить огромное количество архивных документов, книг, музейных предметов. Многие научные исследования, проведенные сотрудниками комиссии, остаются актуальными и в наше время. Поэтому увековечивание исторической памяти о деятельности этой организации является данью уважения к предшественникам, которые заложили основу многих научных исследований современных пензенских краеведов и археологов.